Krofne postoje već vekovima, još od antičke Grčke i Rima, kada je su trake od testa pržene i služene sa medom ili sosom od ribe.
U Srednjem veku, nezaslađene loptice od testa umakane su u šećerni sirup. Ovaj desert raširio se Evropom u XV veku i posebno je postao popularan u Engleskoj, Nemačkoj i Holandiji. U Nemačkoj je u tom dobu bilo teško doći do šećera, tako da se testo jelo sa mesom ili pečurkama. Holandski doseljenici kasnije su preneli ovu poslasticu u Ameriku.
U početku, krofne nisu imale rupu u sredini. Ova izmena originalnom načinu pravljenja krofni pripisuje se kapetanu Hensonu Gregoriju, holandskom mornaru. Prema legendi, 22. juna 1847. godine kapetan Gregori doživeo je oluju na brodu, te je krofne koje je poneo na put naređao na drške kormila, kako bi mu ruke bile slobodne za upravljanje brodom. Tako je napravio rupu kroz sredinu testa i eto, krofna je rođena. Priča, kao i većina tog tipa verovatno nije tačna, ali je veoma zabavna. Inače, rupa u centru testa dobra je i zato što će se testo ravnomernije peći i krofna neće biti živa u sredini.
Prvi pravi recept za krofne može se pronaći u engleskim kuvarima iz 1803. godine, u odeljku sa „američkom hranom".
Krofna takođe ima dugu istoriju među Jevrejima. Testo slično današnjim krofnama služi se već vekovima za praznike poput Hanuke.
Prva automatizovana mašina za krofne napravljena je u Americi, 1920. Izumitelj je bio Adolf Levit, izbeglica iz carske Rusije.
Tokom godina, ova poslastica postala je posebno popularna u Americi, gde je i danas među najomiljenijim namirnicama za doručak među svim generacijama.
