Sve prednosti jabukovog sirćeta potiču od fitohemikalija. Flavonoidi i karotenoidi iz jabuke igraju ključnu ulogu u smanjenju pojava hroničnih bolesti. Osobe koje redovno konzumiraju jabuke u ishrani smanjuju rizik od kardiovaskularnih bolesti, astme, dijabetesa i nekih oblika raka. Jabuke su važan izvor antioksidanasa koji štite organizam.
Jabukovo sirće pomaže varenju, posebno kod ljudi čiji organizam ne proizvodi dovoljno sone kiseline. Koristi se i kao prirodni lek protiv zatvora i dijareje. Zbog pektina olakšava varemke, a rastvorljiva vlakna pomažu radu creva.
Konstatovano je i da neke od bakterija i kiselina u jabukovom sirćetu mogu ubrzati metabolizam.
