Visok sadržaj kofeina u crnom čaju ima svoje prednosti i mane. Povećava budnost, ali stvara razdražljivost i utiče na nepravilan rad srca i eventualno povećanje krvnog pritiska.
U poređenju sa ostalim čajevima, crni čaj ima manji sadržaj katehina. Oni deluju kao antioksidansi, supstance koje skupljaju i uništavaju slobodne radikale koje mogu oštetiti ćelije DNK ali i povećati rizik od srčanih oboljenja, raka ili dijabetesa.
Crni čaj može smanjiti apsorpciju gvožđa čak i do 70 odsto, što može izazvati anemiju.